Os capitães Mgalekgolo são “oficiais” Mgalekgolo mobilizados por “Colony” em locais onde algum elemento de seu plano ou operações Banished requer intervenção direta e monitoramento. Os capitães garantem que as colônias e gestalts do Banished Lekgolo funcionem com total eficiência durante as batalhas. Cada capitão está ligado diretamente a “Colony” e seu irmão de ligação distante sobre um relay de battlenet especialmente modificado, muitas vezes indo para a batalha sem o seu irmão de ligação. Ao contrário de outros Mgalekgolo, os capitães são equipados com blindagem de energia.
O Capitão Mgalekgolo é exclusivo de “Colony” e pode ser construído no Conselho de Guerra. Como outras unidades heroicas, o jogador está limitado a um no campo de cada vez. Eles tem imensa durabilidade ao custo da mobilidade, tornando-os uma das unidades mais lentas do jogo. Os capitães apresentam a habilidade Syphon de roubar a saúde dos inimigos e são capazes de afastar inimigos das unidades aliadas. Em Blitz, Hunter Captains custam 260 de energia e apresentam a habilidade Shock de diminuir a blindagem inimiga, além de sua blindagem de energia normal, capacidade de Syphon passiva e capacidade Taunt.