O’Neil era um oficial da UNSC Navy. Era o médico-chefe a bordo da UNSC Spirit of Fire. Após a Batalha de Etran Harborage, O’Neil sugeriu que todos os cadáveres infectados com Flood deveriam ser queimados, o que não foi muito bom para o resto da tripulação. Apesar disso, os cadáveres foram queimados. O’Neil tomou nota disso em seu registro. O’Neil e outras autoridades médicas confundiram a infecção Flood como um vírus e não como uma forma de vida parasitária.