Ilsa Zane é uma líder insurrecionista dentro da New Colonial Alliance que liderou um ataque a UNSC Infinity. Depois de ser a única sobrevivente da primeira fase do programa SPARTAN-IV, ela desertou para a NCA depois que seus aumentos a tornaram mentalmente instável.
Zane foi originalmente escolhida para a primeira fase do programa SPARTAN-IV. Os acréscimos adicionais que ela fez foram feitos para tornar a armadura desnecessária, no entanto, eles aleijaram ou mataram outros nove e tornaram Zane instável. Por causa de sua instabilidade, Zane foi dispensada e designada para o Office of Naval Intelligence, mas posteriormente escapou e desertou para a New Colonial Alliance de Mattius Drake.
Em algum momento, os membros da New Colonial Alliance conseguiram roubar os planos da Infinity, que estava em construção na Oort Cloud no sistema Sol. Querendo tomar a nave para si antes que o United Nations Space Command pudesse usá-la, Zane liderou um grupo de ataque em Janeiro de 2553 para comandar a nave. Eles entraram sorrateiramente a bordo, disfarçados como uma equipe de construção, e levaram o capitão Andrew Del Rio como refém. Eles foram imediatamente para a ponte onde ela foi imediatamente reconhecida por Aine, a AI temporária da nave. Zane rapidamente deixou Aine offline e começou a assumir o controle da nave.
Um pequeno grupo de tripulantes e Spartans-IV liderados pela Spartan Sarah Palmer e o comandante Thomas Lasky frustraram os planos de Zane. Com a ajuda dos Spartans, Lasky conseguiu chegar a um painel de segurança e inserir códigos de substituição, o que deu a Del Rio e aos outros oficiais acesso à ponte. Tendo chegado à ponte da Infinity de fora da nave, Palmer e Edward Davis chegaram a Zane. Quando eles romperam a ponte da Infinity, Ilsa Zane lutou contra Palmer cara-a-cara. Na luta que se seguiu, Del Rio trouxe Aine de volta online, que então ativou as portas de contenção da nave. Palmer, em seguida, empurrou Zane para fora de uma porta de contenção no espaço. No entanto, devido aos seus aumentos físicos, Zane sobreviveu e mais tarde foi recuperada por um investigador não identificado da NCA. Ao acordar, ela foi recebida por uma pessoa desconhecida, a quem ela reconheceu e ficou surpresa ao ver.
Após sua recuperação, Zane foi enviada para o remoto mundo de Conrad’s Point, onde os indisciplinados rebeldes e mercenários da NCA no mundo estavam sendo mal comandados por um coronel não identificado. Depois de remover o coronel do comando, Zane organizou os insurgentes em uma força mais formidável. Como comandante das forças da NCA no mundo, Zane operou implacavelmente e matou qualquer indivíduo que não carregasse seu peso. Posteriormente, ela começou a preparar as forças da NCA em Conrad’s Point para a guerra com o Unified Earth Government e acumulou uma grande quantidade de armas nucleares. Em 2558, depois que Conrad’s Point foi atacado por um Guardian Forerunner, Zane mandou todas as forças da NCA se moverem para o local de ataque do Guardian e proteger a cratera deixada para trás. Fazendo acampamento em um complexo nas proximidades, a NCA procurou revistar as ruínas de uma cidade destruída pela construção de pistas no próximo local de ataque do Guardian. Não querendo que o local do Guardian caísse sob o controle rebelde, a ONI enviou a Comandante Maya Sankar – que operou com os rebeldes sob o codinome “FERO” – e smart AI Black-Box para se infiltrar na facção e encontro com operativo Ari Rezneck, que já havia se infiltrado a New Colonial Alliance.
Quando Sankar, Black Box e Reznek chegaram ao complexo da NCA, Zane chegou pouco depois. Ela parabenizou os soldados da NCA por serem úteis à causa e trabalharem juntos de forma eficaz. Zane informou-os da aparente morte do Spartan-II John-117 e encorajou seus soldados a celebrar a morte do “garoto-propaganda” da UNSC. Enquanto isso, a UNSC foi informada da localização atual de Zane e planejou matá-la bombardeando o complexo. Quando Sankar e Reznek se moveram para deixar o complexo, Zane se aproximou deles antes dos outros insurgentes e lembrou que “FERO” desejava que a New Colonial Alliance parasse de combater a UNSC e protestasse pacificamente. Zane zombou de “FERO” por acreditar que as negociações com a UNSC eram um plano viável para conquistar a independência colonial e questionou o uso que ela teve para a NCA. Quando Reznek a defendeu, Zane o matou com sua arma e revelou que ela sabia que ele era um agente da ONI. Como Reznek garantiu para ela, Zane concluiu que Sankar também era um agente da ONI. No entanto, antes que Zane pudesse matá-la, o amigo de Sankar dentro da NCA – Bostwick – levantou uma faca para a garganta de Zane e insistiu que “FERO” não era uma espiã. Zane atacou Bostwick, mas Sankar revelou que ela era uma agente da ONI, informando que um ataque aéreo da UNSC estava chegando. Antes que alguém pudesse reagir, o complexo foi bombardeado por aeronaves da UNSC. Sankar fugiu do complexo com o ferido Bostwick, enquanto Zane a perseguia. Os dois escaparam da área em um M274 Mongoose e finalmente escaparam do mundo a bordo da nave-prisão de Sankar. Furiosa, Zane continuou a disparar incessantemente sobre a embarcação ao deixar Conrad’s Point.
Zane e a NCA posteriormente rastrearam o grupo de Maya até Laika III, com a intenção de matá-los e proteger o Guardian do planeta antes que ele fosse ativado. Ela forçou sua nave para baixo, e depois os perseguiu longe de um campo da Tríade, onde eles haviam se refugiado. Um destacamento de tropas da ONI, também perseguiu os renegados, envolveu os rebeldes em combate, enquanto o Guardian começava a se elevar. Zane foi vista pela última vez combatendo as tropas da UNSC desarmada.