Peter Bonifacio era cidadão de Rubble e um dos nove membros do Conselho de Segurança de Rubble encarregado da defesa da colônia. Ele tinha sido um contrabandista bem conhecido antes da guerra.
Peter Bonifacio era um infame contrabandista em todo o espaço Humano, muitas vezes operando a partir de Rubble. Após a queda de Madrigal, ele foi reduzido à missão de contrabando entre as Colônias Internas. Logo, ele começou a perder nave após nave para as forças do Covenant e do Comando Espacial das Nações Unidas (United Nations Space Command, UNSC), então começou a se estabelecer em Rubble. Finalmente, ele foi eleito para se tornar um conselheiro no Conselho de Segurança de Rubble. Ignatio Delgado ocasionalmente transportava carga de asteróide para asteroide para ele, mas Bonifacio sempre pagava com atraso. Depois que Madrigal foi envidraçada pelo Covenant, uma nave Kig-Yar passou pelo campo de asteróides de Hesiod e descobriu Rubble. Enquanto o resto do Conselho de Segurança estava determinando se Rubble deveria lutar ou fugir, Bonifacio saudou a nave. Ele entrou em contato com Reth, um dos Kig-Yar a bordo da nave. Bonifácio propôs um acordo comercial com Reth. Ele explicou que os Humanos que habitavam Rubble não eram afiliados ao UNSC, e enviaram-lhes um manifesto dos bens de dentro dos centros de armazenamento de Rubble. Um mês depois, Reth retornou com uma nave própria, oferecendo armamento Covenant em troca de motores slipspace Humanos. No entanto, Reth havia informado o Prophet of Truth da localização de Rubble e foi enviado de volta para Rubble para tentar encontrar a localização da terra natal da humanidade.
Bonifácio acreditava que aliar-se ao Kig-Yar era o primeiro passo para a Humanidade se unir ao Covenant. Mais tarde, na Guerra Humano-Covenant, Reth começou a oferecer a Rubble acesso à tecnologia, poder e dinheiro do Covenant em troca das coordenadas para a Terra e outras colônias Humanas. Enquanto a maioria do Conselho de Segurança concordou que Rubble não seria mais útil para o Kig-Yar e eles seriam atacados, Bonifacio confiava em Reth e secretamente conspirou com o Kig-Yar para conseguir as coordenadas.
Bonifacio logo descobriu que Ignatio Delgado segurava o último bloco de dados de Rubble que continha dados de navegação para a Terra. Os dois se encontraram dentro de um vagão e começaram a discutir os dados. Peter expressou interesse em um datapad que o Conselho de Segurança de Rubble designou à Ignatio para cuidar. Quando Delgado se recusou a fazê-lo, Bonifácio mandou prender Delgado. Delgado foi depois interrogado pelos membros do Conselho de Segurança, pedindo a localização dos dados de navegação. O Conselho revelou que eles pretendiam colocar os dados no Projeto Exodus por segurança. Delgado relutantemente concordou e ele trouxe Bonifácio e Diego para onde os dados estavam escondidos, a bordo de seu cargueiro, “Distancia”. Quando os três chegaram ao cargueiro, Delgado estava prestes a passar os dados para Esquival, mas Bonifácio traiu os dois e atirou em Diego, ferindo-o mortalmente. Bonifácio pegou os dados e deixou os dois mortos, trancando Diego e Delgado nos airlocks danificados da Distancia enquanto o suprimento de oxigênio se esgotava. Esquival sucumbiu às suas feridas, mas Delgado foi resgatado pelos Spartans do Grey Team.
Bonifácio fugiu de Rubble com os dados a bordo de sua nave, a Kestrel, com a intenção de entregar os dados a Reth. Ele foi interceptado pelo cargueiro do Grey Team e a Kestrel foi desabilitada. Adriana-111 embarcou na nave e encontrou apenas um dos guarda-costas de Bonifácio, Sean Williams. Bonifácio havia fugido em uma cápsula de fuga para se esconder dos Spartans. Ele prometeu que contaria aos Spartans onde ele escondia os dados se eles permitissem que ele escapasse, o que eles concordaram com relutância. Depois de recuperar os dados, Bonifácio continua a caminho da nave de Reth. Os Spartans decidiram permitir que Bonifácio fugisse, acreditando que o Covenant o mataria a tempo.
Depois de fazer o seu caminho até Reth, o Kig-Yar o deixou encalhado. Reth alegou que Peter não tinha utilidade para ele agora, e que ele estava fazendo um favor a Bonifácio por não resgata-lo. Embora Bonifácio inicialmente não acreditasse nisso, na realidade era a verdade, já que o Covenant nunca fazia prisioneiros e os torturava nas raras ocasiões em que o fizeram. Apesar de encontrar segurança em sua cápsula de fuga, em poucas horas ele iria descobrir uma frota Covenant que havia aparecido no sistema. Depois de tentar se comunicar com o Covenant, na esperança de encontrar resgate, um cruzador Covenant atirou nele, matando-o instantaneamente. A nave Covenant, em seguida, passou através dos restos atomizados do pod, enquanto ajustava sua órbita.
Bonifácio era muito ganancioso, desejando trocar/comercializar constantemente por objetos caros. Ele matou Diego para poder ter acesso às coordenadas da Terra e continuar negociando com o Covenant. Seus próprios transportes foram projetados para serem confortáveis, muitas vezes com interiores espaçosos e macios. Peter apreciava os charutos da Sweet William, tão a ponto de tê-los contrabandeado em sua nave, a Kestrel. Bonifácio era muito tolo e míope, acreditando que o Covenant o ajudaria, sem consequências negativas. Apesar disso, ele parecia saber algumas informações sobre as espécies clientes do Covenant antes de começar a negociar com Reth. Bonifácio acreditava legitimamente que o Covenant estaria disposto a resgatar sua cápsula de fuga e permitir que ele vivesse, se ele lhes desse as coordenadas para a Terra.